小さな田舎町に引越してきた少女メアリ・スミスは、自分に自信のない11歳の女の子。

科学者である父の仕事の関係で両親がアメリカへ行くことになり、メアリは夏休みの間、一人でシュロプシャー州の大おばさまの住む赤い館にお世話になることになったのです。

ひっそりとしたこの町には友達もおらず、メアリは塞いでいました。

そんな時、森で黒猫のティブを追いかけているうちに、美しく輝く小さな紫色の花を見つけたのです。

金色のめしべと、銀色の輝きを放つその花に、メアリは強く惹き付けられました。

ゼベディじいさんによると、それは7年に1度しか咲かない「夜間飛行」と呼ばれる花で、魔法の力を持つというのです。

メアリが物置でみつけた小さなほうきに、その花の花粉を落としたその時。

ほうきは飛び立ち、あっという間にメアリとティブを乗せて魔法学校「エンドア大学」に連れて行ってしまったのです！

メアリは雲海に浮かぶ魔法世界最高の魔法学校に入学することになりましたが、なんとこの学校、魔法のために恐ろしい動物実験が行われていたのです…！

しかも、動物の中でも黒猫は特に強い魔力を持っており、魔法学校にとっては貴重な生物。

そう、魔法学校の校長は、ティブ欲しさにメアリを大学に入学させたのです。

ティブは動物実験として連れて行かれてしまいます。

校長先生の魔法で透明にされてしまったティブを救うため、メアリは魔法を解く呪文を手に入れます。

そしてティブと一緒に檻に入れられていた全ての動物たちを救い、この世界から逃げようとします。

しかしちょっとしたトラブルから、こともあろうか敵である魔法学校の教授の家へ連れて行かれてしまいます。

そこで出会った、同じく自分の猫を探しているというピーターという男の子。

なんと彼の猫ギブは、ティブのお兄さん猫だというのです！

そう、ティブは最初からメアリにギブを救ってほしくて、メアリを「夜間飛行」の花へと導いたのでした。

メアリとピーターは無事にギブを見つけ出し、逃げようとするものの、彼らを追っている教授と校長はもうすぐそこまで来ています。

そしてこともあろうか、メアリが魔法の花「夜間飛行」に授けられた一夜限りの魔法が、解けてしまったのです。

絶体絶命…！！

そう思った時、メアリたちを救ってくれたのは、メアリがティブと一緒に助け出した動物たちだったのです。

動物たちのおかげでメアリとピーターは元の世界に戻ることができ、ひとりぼっちだったメアリは2匹の猫やピーターと一緒に楽しい毎日を送ることができました。

おしまい。

• メアリ：杉咲花（主人公の普通の11歳の少女）
• ピーター：神木龍之介（メアリのついた嘘により、大事件に巻き込まれてしまう12歳の少年）
• シャーロット：大竹しのぶ（メアリの大叔母で、赤い館の主人）
• ゼベディ：遠藤憲一（赤い館の庭師）
• バンクス：渡辺えり（赤い館の家政婦）
• マダム・マンブルチューク：天海祐希（エンドア大学の校長）
• ドクター・デイ：小日向文世（エンドア大学の科学者）
• 赤毛の魔女：満島ひかり（魔法の国から夜間飛行を盗み出した魔女）
• フラナガン：佐藤二朗（エンドア大学のほうき小屋係）
• ティブ：赤い館村に住む黒猫。ギブの弟。
• ギブ：赤い館に住むグレーの猫。ティブの兄。